W czasie lęgu polegają one na odkażaniu jaj wylęgowych, ich prawidłowym przechowywaniu i transporcie, w celu niedopuszczenia do zakażenia salmonelami, E. coli, wirusami choroby Derzsyego oraz grzybami. Aparaty wylęgowe stwarzają sprzyjające warunki rozwoju bakterii, wirusów i grzybów. W zakładzie wylęgowym konieczne jest więc utrzymanie skrupulatnej czystości, aby nie dopuścić do zakażenia jaj i piskląt. Zakład wylęgowy jest podzielony na cztery strefy czystości: magazyn jaj, pomieszczenia aparatów lęgowych; aparaty klujnikowe, pomieszczenia do przyjmowania jaj i pomieszczenie do ich odkażania, magazyny piskląt i pomieszczenie do wydawania piskląt. Wykonuje się w nim odkażanie sezonowe, bieżące i okresowe; roztworem formaliny, parami formaliny, roztworami Mastycydu i Sterinolu. Przestrzega się higieny osobistej obsługi: mycia rąk, nakładania odzieży ochronnej i obuwia. W celach profilaktycznych przeprowadza się kontrolę stanu sanitarnego zakładu i aparatów wylęgowych metodą wymazów. Pisklęta muszą być wolne od sal- monelozy, przy czym wszelkie stresy, także w czasie transportu, sprzyjają ujawnieniu się tego zakażenia.
