Rozporządzenie wymaga od rolnika prowadzenia ksiąg kontroli ilościowej. Taka ścisła księgowość jest dla wielu systemów kontrolnych nowością. Inne elementy, takie jak struktura zasiewów i plan upraw, odpowiadają stosowanej praktyce. Producent i przedstawiciel organizacji kontrolnej muszą sporządzić wspólnie, w trakcie postępowania inspekcyjnego, sprawozdanie pokontrolne, które musi dokładnie opisywać jednostkę gospodarczą. Jeśli kontroler, nie związany z gospodarstwem, na podstawie jego opisu potrafi odszukać wszystkie wymienione w dokumentacji miejsca i obiekty, to rozgraniczenie i opis należy uznać za wystarczające. W trakcie lustracji producent i przedstawiciel organizacji kontrolnej uzgadniają wspólnie dalsze postępowanie. Tryb ten zawiera element doradztwa: organizacja kontrolna jest zobowiązana poinformować rolnika, jak powinien dalej postępować, aby w przyszłości nie doszło do zakwestionowania jego produktów. Ma to szczególne znaczenie przy kontroli w trakcie przestawiania gospodarstwa konwencjonalnego, gdyż organizacja kontrolna nie może zakładać, że producent zna dokładnie wszystkie niuanse rozporządzenia. Reprezentant organizacji kontrolnej musi odpowiednio go poinstruować i wspólnie ustalić tryb postępowania na przyszłość.
